Nasceu em Darmstadt, Alemanha, no dia 7 de setembro de 1829. Estudou arquitetura na Universidade de Giessen, mas decidiu se voltar para a química, sob a influência de Justus von Liebig. Doutorou-se em química em Giessen em 1852, trabalhou em Paris e Londres, foi professor em Hiedelberg em 1856, depois em Gand, dois anos depois e, por fim, em Bonn em 1865.
Em 1857, Kekulé propôs a quadrivalência do carbono, que é o marco inicial da química orgânica estrutural. De seu trabalho resultou a idéia da possível existência das ramificações nas cadeias carbônicas.
Em 1825, Faraday descobriu o benzeno, no gás de iluminação usado nas cidades daquela época. Em 1834, Mitscherlich determinou a fórmula do benzeno - C6H6 . No entanto, os químicos ficaram por muito tempo sem saber ao certo qual sera a fórmula estrutural do benzeno; foi Kekulé que, em 1865, propôs a idéia do anel hexagonal, completada no ano seguinte com a hipótese da existência de um par de estruturas em equilíbrio, com alternância das ligações duplas.
Kekulé foi um dos pioneiros da química orgânica teórica. Suas idéias sobre a estrutura das moléculas orgânicas ajudaram o grande desenvolvimento da química industrial na Alemanha, no final do séc. XIX, especialmente no setor dos corantes. Kekulé foi um dos maiores professores de química de seu tempo; completou a sua obra - Tratado de Química Orgânica - de grande influência na época.
Três de seus discípulos foram premiados, mais tarde, com o Prêmio Nobel de Química: Van't Hoff (1901), Fischer (1902) e Baeyer (1905). Kekulé faleceu em Bonn, em 13 de julho de 1896.
